Mặc dù cốt truyện trong loạt phim Pokemon thực sự thân thiện với trẻ em nhưng người hâm mộ vẫn luôn nghĩ ra nhiều thuyết âm mưu thú vị khác nhau. Pokemon là dòng game hướng đến cả trẻ em và người lớn, nhưng dòng game này đôi khi cũng mang đến những khoảnh khắc đen tối. Ngoài những con quái vật, còn có nhiều thứ được coi là đen tối trong loạt Pokemon. Dưới đây là một số thuyết âm mưu từ câu chuyện Pokemon.
10Misthy chết rồi
Thuyết âm mưu trong câu chuyện Pokemon đầu tiên là Misty được dự đoán là đã chết. Thuyết âm mưu này thoạt nhìn có thể hơi cường điệu một chút. Tuy nhiên, có một số bằng chứng được cho là ủng hộ giả thuyết cho rằng Misty thực sự đã chết. Một ví dụ là trong tập 24 của anime, có một khoảnh khắc Misty bị Pokemon Haunter của Sabrina liếm.
Điều quan trọng cần lưu ý về điều này là có rất nhiều dữ liệu trong Pokedex nói rằng Haunter là một Pokemon khá nguy hiểm. Một cú liếm của Haunter có thể gây tử vong cho nạn nhân. Suy ngẫm về điều này, có vẻ hợp lý khi đưa ra giả thuyết cho rằng Misty thực sự đã chết khi bị Haunter liếm.
Sự xuất hiện của Misty trong tập tiếp theo cũng làm nảy sinh một giả thuyết khác cho rằng đây thực ra không phải là Misty thật. Về lý thuyết, nhân vật Misty xuất hiện trong truyện là hình ảnh phản chiếu buồn bã của Ash hoặc Satoshi. Tất cả những cuộc chiến mà Misty thực hiện trong câu chuyện thực ra không phải cô ấy tự mình thực hiện mà là Ash.